番茄PIN基因家族的生物信息学分析及其表达模式

doi:10.7506/spkx1002-6630-201704001

食品科学 ›› 2017, Vol. 38 ›› Issue (4): 1-5.doi: 10.7506/spkx1002-6630-201704001

• 生物工程 • 下一篇

番茄PIN基因家族的生物信息学分析及其表达模式

赵瑞瑞，申琳，生吉萍

南京农业大学食品科技学院，江苏南京 2100951.清华大学生命科学学院，北京 100084；2.中国农业大学食品科学与营养工程学院，北京 100083； 1.清华大学生命科学学院，北京 100084；2.中国农业大学食品科学与营养工程学院，北京 100083； 3.中国人民大学农业与农村发展学院，北京 100872

出版日期:2017-02-25 发布日期:2017-02-28
基金资助:
国家自然科学基金面上项目（31371847；31272215）；国家重点基础研究发展计划（973计划）项目（2013CB127106）

Bioinformatic Analysis of the PIN Gene Family in Tomato and Its Expression Pattern

ZHAO Ruirui, SHEN Lin, SHENG Jiping

1. School of Life Sciences, Tsinghua University, Beijing 100084, China; 2. College of Food Science and Nutritional Engineering, China Agricultural University, Beijing 100083, China; 3. School of Agricultural Economics and Rural Development, Renmin University of China, Beijing 100872, China

Online:2017-02-25 Published:2017-02-28

摘要/Abstract

摘要： PIN蛋白是生长素输出蛋白，具有多个跨膜结构域，能够介导生长素在整个植物体内的流动。番茄作为一种具有重要经济价值的果蔬，对其生长发育调控的研究具有重要的意义。研究表明，PIN蛋白对植物果实的生长发育起着重要的调控作用。本研究通过生物信息学的方法对番茄PIN基因组中10 个SlPINs的核酸和氨基酸序列进行分析，构建番茄SlPINs的进化树，并分析番茄SlPINs在不同组织和果实生长发育过程中的表达量变化，为进一步研究SlPINs的生物学功能提供理论依据。

关键词: 番茄果实, PIN基因, 生物信息学分析, 表达模式

Abstract: PIN-FORMED (PIN) proteins work as auxin efflux proteins with multiple transmembrane domains and mediate auxin flow throughout the plant. As tomato is an important cash crop, studies aimed to regulate its growth and development are of great significance. Studies have shown that PIN proteins play an important role in regulating the growth and development of fruits. In this study, we predicted the characteristics of ten tomato PIN members by using on-line software, constructed a phylogenetic tree for SlPINs, and analyzed expression changes of SlPINs in different tissues and during fruit growth and development. This study will provide a basis for future study on the biological functions of SlPINs.

Key words: tomato fruit, PIN gene, bioinformatic analysis, expression pattern

中图分类号:

TS255.3

赵瑞瑞，申琳，生吉萍. 番茄PIN基因家族的生物信息学分析及其表达模式[J]. 食品科学, 2017, 38(4): 1-5.

ZHAO Ruirui, SHEN Lin, SHENG Jiping. Bioinformatic Analysis of the PIN Gene Family in Tomato and Its Expression Pattern[J]. FOOD SCIENCE, 2017, 38(4): 1-5.

[1]	王俊娟，李欣芮，陈成，孙善峰，刘桂蓉，车会莲. 花生主要过敏原Ara h 1线性B细胞表位的预测及鉴定[J]. 食品科学, 2021, 42(17): 106-112.
[2]	生吉萍，赵瑞瑞，陈玲玲，申琳. 褪黑素采前喷施对采后番茄果实抗病性和贮藏品质的影响[J]. 食品科学, 2020, 41(9): 188-193.
[3]	徐友强，孙宝国，蒋玥凤，侯洁，许春艳，王文华，滕超，熊科，范光森，李秀婷,. 红曲黄酒来源芽孢杆菌普鲁兰酶基因克隆和生物信息学分析[J]. 食品科学, 2019, 40(2): 117-125.
[4]	季娜娜，闵德栋，李富军，邵淑君，张新华. 一氧化氮合酶途径在精氨酸诱导番茄果实采后抗病性中的作用[J]. 食品科学, 2018, 39(1): 250-257.
[5]	李珊，许蕙金兰，朱本忠，罗云波. 番茄NF-Y转录因子生物信息学分析及其与RIN共同调控果实成熟研究[J]. 食品科学, 2017, 38(22): 1-7.
[6]	侯洁，李琴，熊科，徐友强，李秀婷. 微紫青霉酸性木聚糖酶xynA基因的克隆与序列分析[J]. 食品科学, 2017, 38(14): 9-16.
[7]	唐存多，史红玲，蔚晓华，张梅，唐青海，岳超，姚伦广，夏敏，阚云超. 新型GH5家族β-甘露聚糖酶的基因挖掘及表达鉴定[J]. 食品科学, 2016, 37(11): 90-96.
[8]	谢芳，潘寒姁，袁树枝，王姣，侯庆英，曹建康*. 酵母甘露聚糖处理对番茄果实贮藏效果的影响[J]. 食品科学, 2015, 36(2): 221-225.
[9]	毛海燕，蔡娜，陈亨莉，曹敏杰，蔡秋凤，刘光明. 拟穴青蟹新型过敏原肌质钙结合蛋白的纯化、鉴定及分子克隆[J]. 食品科学, 2014, 35(3): 122-127.
[10]	朱敏，尹明安*，叶红红，任小林. 苹果ACO1基因及转录因子MdHB-1基因的表达模式[J]. 食品科学, 2014, 35(23): 166-170.
[11]	李翠丹，申琳，生吉萍. 一氧化氮参与水杨酸诱导的采后番茄果实抗病性反应[J]. 食品科学, 2013, 34(8): 294-298.
[12]	武欢欢，申琳，生吉萍. 番茄果实感染灰霉病过程中H2O2的抗病作用[J]. 食品科学, 2013, 34(8): 274-278.
[13]	于萌萌，申琳，生吉萍. 茉莉酸甲酯诱导采后番茄果实抗病的作用[J]. 食品科学, 2012, 33(9): 11-15.
[14]	刘零怡1，于萌萌1，郑杨1，生吉萍1，申琳1,2,*. 采后一氧化氮处理调控番茄果实茉莉酸类物质合成并提高灰霉病抗性[J]. 食品科学, 2010, 31(22): 457-461.
[15]	裴娇艳1,2，杨震峰2，许凤1,2，郑永华1,. 基于绿熟番茄果实L 值的番茄红素含量预测模型建立[J]. 食品科学, 2010, 31(10): 296-300.

番茄PIN基因家族的生物信息学分析及其表达模式

Bioinformatic Analysis of the PIN Gene Family in Tomato and Its Expression Pattern

RichHTML

PDF (PC)

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价