食品科学 ›› 2010, Vol. 31 ›› Issue (1): 137-140.doi: 10.7506/spkx1002-6630-201001032
王艳芳,赵彦宏* ,王爱云,王芹芹,刘林德,周瑞莲,于晓飞
WANG Yan-fang,ZHAO Yan-hong*,WANG Ai-yun,WANG Qin-qin,LIU Lin-de,ZHOU Rui-lian,YU Xiao-fei
摘要:
对来源于NCBI 公共数据库的12144 条香菇(Lentinus edodes)EST 序列进行简单重复序列SSR 搜索。结果表明:在这些香菇EST 序列中共有359 个SSR 位点,46 种SSR 的重复单元,其中2 碱基重复243 条(67.69%),3 碱基重复114 条(31.76%),5 碱基重复1 条(0.28%),6 碱基重复1 条(0.28%)。平均33.8 条EST 序列中有1 个SSR。SSR的碱基总数达7727kb,约占整个EST 序列碱基数的2.94%。本实验还根据搜索结果设计了100 条香菇EST-SSR 引物,并随机合成了20 对引物。以4 个野外采集的香菇DNA 为模板,对引物进行了筛选与评价,有16 对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中11 对引物的产物存在遗传多态性。结果表明本实验设计开发的香菇的EST-SSR标记是可行且有效的。
中图分类号: