嗜热链球菌谷氨酸脱羧酶基因及其侧翼区序列分析

doi:10.7506/spkx1002-6630-201103029

食品科学 ›› 2011, Vol. 32 ›› Issue (3 ): 121-125.doi: 10.7506/spkx1002-6630-201103029

嗜热链球菌谷氨酸脱羧酶基因及其侧翼区序列分析

林谦 1，杨胜远2，陆兆新3 ,* ，吕凤霞3，别小妹3，邹晓葵3

1.玉林师范学院化学生物系，广西玉林 537000； 2.韩山师范学院生物系，广东潮州 521041；
3.南京农业大学食品科技学院，江苏南京 210095

收稿日期:2010-06-04 修回日期:2010-12-31 出版日期:2011-02-15 发布日期:2011-01-13
基金资助:
广东省自然科学基金项目(8452104101001546)；国家星火计划项目(2008GA780032)；玉林师范学院高层次人才科研启动基金项目(G2009042)

Sequence Analysis of Glutamate Gecarboxylase Gene and Flanking Regions from Streptococcus thermophilus Y-2

LIN Qian，YANG Sheng-yuan，LU Zhao-xin，LU Feng-xia，BIE Xiao-mei，ZOU Xiao-kui

1. Department of Chemistry and Biology, Yulin Normal University, Yulin 537000, China；
2. Department of Biology, Hanshan Normal University, Chaozhou 521041, China；
3. College of Food Science and Technology, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China

Received:2010-06-04 Revised:2010-12-31 Online:2011-02-15 Published:2011-01-13

摘要/Abstract

摘要： 从嗜热链球菌Streptococcus thermophilus Y-2的谷氨酸脱羧酶基因(gadB)及其两侧旁邻序列出发，在GenBank中分别用Blastn、Blastx 搜索同源序列。gadB 在核酸水平上无法找到同源序列，在蛋白质水平上与多种细菌的谷氨酸脱羧酶同源。根据谷氨酸脱羧酶的氨基酸序列构建系统发育树，菌株Y-2 与具核梭杆菌Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953 的亲缘关系最近。gadB 的上游侧翼区与嗜热链球菌LMG 18311 的插入序列IS1216转座酶基因具有很高的相似性。gadB 的下游侧翼区在核酸水平上未找到同源序列，在蛋白质水平上与谷氨酸/γ- 氨基丁酸转运蛋白有很高的相似性。菌株Y-2 的gadB、gadC 排列方式与大肠杆菌、弗氏志贺菌的相同，而与乳酸乳球菌、短小乳杆菌的相反。在已完成全基因组测序的3 个模式株Streptococcus thermophilus LMG 18311、CNRZ1066、LMD-9 中均含有插入序列 IS1216，但未发现谷氨酸脱羧酶基因gadB、谷氨酸/γ- 氨基丁酸转运蛋白基因gadC。

关键词: 序列分析, 嗜热链球菌, 谷氨酸脱羧酶, γ-氨基丁酸

Abstract: The glutamate decarboxylase gene (gadB) and its flanking regions from Streptococcus thermophilus Y-2 were investigated by homologous search in GenBank with Blastn and Blastx. There was no any other gene showing significant similarity with gadB, while the protein product of gadB had high similarity with several bacterial glutamate decarboxylases. Phylogenetic tree based on glutmamte decarboxylase sequences indicated that Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10593 showed the closest relationship with S. thermophilus Y-2. The upstream flanking region of gadB was homologous to bacterial transposases, while the downstream flanking region of gadB encoding a putative protein was similar to bacterial glutamate/γ-aminobutyric acid antiporters (GadC). The order of gadB and gadC in S. thermophilus Y-2 genome was similar to that of E. coli and Shigella flexneri, but different from that of Lactococcus lactis and Lactobacillus brevis. Insertion sequence IS1216 was present in genomes of S. thermophilus LMG 18311, CNRZ1066, and LMD-9, but not gadB or gadC.

Key words: Streptococcus thermophilus, glutamate decarboxylase, &gamma, -aminobutyric acid, sequence analysis

中图分类号:

林谦，杨胜远，陆兆新，吕凤霞，别小妹，邹晓葵. 嗜热链球菌谷氨酸脱羧酶基因及其侧翼区序列分析[J]. 食品科学, 2011, 32(3 ): 121-125.

LIN Qian，YANG Sheng-yuan，LU Zhao-xin，LU Feng-xia，BIE Xiao-mei，ZOU Xiao-kui. Sequence Analysis of Glutamate Gecarboxylase Gene and Flanking Regions from Streptococcus thermophilus Y-2[J]. FOOD SCIENCE, 2011, 32(3 ): 121-125.

[1]	申进玲，赵丽娜，韩伟，许镇坚，蒋原，杨捷琳，郭德华，薛峰. 上海进口水产品中副溶血性弧菌耐药性、毒力基因和遗传特征[J]. 食品科学, 2021, 42(8): 264-269.
[2]	章丽，高洁，刘松雁，桑亚新，王向红. 超高效液相色谱-四极杆/静电场轨道阱高分辨质谱鉴定嗜热链球菌发酵乳中脂质构成[J]. 食品科学, 2021, 42(4): 197-205.
[3]	杨其乐，丁一峰，张宇，聂若男，李亚萌，王佳，王小红. 沙门氏菌噬菌体LPST144尾纤维gp38的序列分析及其结合活性[J]. 食品科学, 2021, 42(2): 66-73.
[4]	李祥，解玉丽，贾园园，张闪，王红艳，刘先吏，罗湘艳，唐存多. 基于基因组挖掘技术的新型谷氨酸脱羧酶基因挖掘及表达鉴定[J]. 食品科学, 2021, 42(10): 79-85.
[5]	李柏良，赵莉，王成凤，靳妲，丁秀云，刘飞，霍贵成. 嗜热链球菌KLDS3.1012胞外多糖合成途径的基因组学及表型特征分析[J]. 食品科学, 2019, 40(6): 136-142.
[6]	刘刚，梁琪，宋雪梅，张炎. Plackett-Burman和Box-Behnken试验优化嗜热链球菌Q4F8产胞外多糖工艺[J]. 食品科学, 2019, 40(20): 136-143.
[7]	杨胜远，李云. 双向单因素与田口法优化屎肠球菌产谷氨酸脱羧酶培养基[J]. 食品科学, 2018, 39(4): 90-98.
[8]	陈琪，张亚敏，赵颖，梅林，傅瑞燕. 表达外源谷氨酸脱羧酶基因对重组乳酸乳球菌胁迫抗性的影响[J]. 食品科学, 2018, 39(20): 132-139.
[9]	赵云飞，邵泽香，陆兆新，别小妹，赵海珍，张充，吕凤霞. 基于定向进化技术提高巨大芽孢杆菌谷氨酸脱羧酶活性[J]. 食品科学, 2018, 39(18): 179-185.
[10]	李柏良，丁秀云，靳妲，刘飞，蒙月月，李娜，赵莉，霍贵成. 基于基因组学分析嗜热链球菌KLDS SM的蛋白质水解系统和氨基酸合成途径[J]. 食品科学, 2018, 39(18): 120-126.
[11]	谭霄，孙擎，曾林，赵婷婷，谭金龙，张庆，向文良. 1 株产γ-氨基丁酸植物乳杆菌谷氨酸脱羧酶基因的克隆与表达[J]. 食品科学, 2018, 39(18): 159-165.
[12]	曹晶晶，顾丰颖，罗其琪，刘子毅，王锋. 发芽糙米γ-氨基丁酸形成的谷氨酸脱羧酶活性与底物变化的相关性分析[J]. 食品科学, 2018, 39(16): 47-52.
[13]	刘阳，葛武鹏，张静，郭春锋，梁秀珍，王智，张兴吉，王瑞. 婴幼儿配方羊乳粉生产环节蜡样芽孢杆菌分离株多位点序列分型分析[J]. 食品科学, 2018, 39(14): 166-171.
[14]	郗恩光，谭海生，杨劲松，崔坤鹏，张万昌，鞠雪莉，李晓雷，张桂和. 香蕉植株上乳酸菌的分离鉴定、系统发育及抑菌特性分析[J]. 食品科学, 2018, 39(14): 112-118.
[15]	杨胜远，韦锦，曾婵，彭罗慧. 732阳离子交换树脂对屎肠球菌谷氨酸脱羧酶活性的促进作用[J]. 食品科学, 2018, 39(14): 151-157.

嗜热链球菌谷氨酸脱羧酶基因及其侧翼区序列分析

Sequence Analysis of Glutamate Gecarboxylase Gene and Flanking Regions from Streptococcus thermophilus Y-2

RichHTML

PDF (PC)

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价