风干肉中产脂肪酶瑞士乳杆菌TR13全基因组测序及序列分析

doi:10.7506/spkx1002-6630-20190707-086

食品科学 ›› 2020, Vol. 41 ›› Issue (16): 101-109.doi: 10.7506/spkx1002-6630-20190707-086

• 生物工程 • 上一篇

风干肉中产脂肪酶瑞士乳杆菌TR13全基因组测序及序列分析

田建军，张开屏，赵艳红，李权威，马牧然，马俊杰，曹凯慧，靳烨

（1.内蒙古农业大学食品科学与工程学院，内蒙古呼和浩特 010018；2.内蒙古商贸职业学院食品工程系，内蒙古呼和浩特 010070）

发布日期:2020-08-19
基金资助:
国家自然科学基金地区科学基金项目（31960514；31660439）； “十三五”国家重点研发计划重点专项（2016YFE0106200）；内蒙古自治区科技计划项目（2019GG239）；内蒙古自治区自然科学基金面上项目（2016MS0311；2017MS0363）；内蒙古自治区高等学校科学研究项目（NJZY17445）

Whole Genome Sequencing and Sequence Analysis of Lactobacillus helveticus TR13 from Air-dried Mutton

TIAN Jianjun, ZHANG Kaiping, ZHAO Yanhong, LI Quanwei, MA Muran, MA Junjie, CAO Kaihui, JIN Ye

(1. College of Food Science and Engineering, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, China;2. Department of Food Engineering, Inner Mongolia Business and Trade Vocational College, Hohhot 010070, China)

Published:2020-08-19

摘要/Abstract

摘要： 瑞士乳杆菌TR13是从自然风干羊肉中分离筛选到的1 株产脂肪酶活性高的菌株，为能够更好地研究该菌株在羊肉发酵过程中的代谢机理和功能，采用PacBio Illumina HiSeq测序平台对细菌TR13进行完成图测序分析。结果表明，瑞士乳杆菌TR13基因组为1 套环状无质粒分子，基因组序列总长度为2 172 224 bp，GC含量为36.82%。基因组中预测到2 536 个编码基因，编码基因总长度为1 883 532 bp，平均长度为799.46 bp，平均密度为1.08 个/kb，对应蛋白质平均序列长度为265 aa，占基因组百分比为86.71%。TR13菌株基因组中包含15 个rRNA操纵子和63 个tRNA。预测到可能的毒力基因75 个，耐药基因150 个。编码基因通过GO、COG和KEGG数据库的对比分析，完成了TR13菌株基因组基本功能注释和代谢通路基因信息注释，注释信息可为菌株应用研究提供一定理论依据。

关键词: 瑞士乳杆菌；全基因组测序；基因功能注释

Abstract: For a better understanding of its metabolic mechanism and function during mutton fermentation, the whole genome of Lactobacillus helveticus TR13, a strain with high lipase activity isolated from naturally air-dried mutton was sequenced using the PacBio Illumina HiSeq sequencing platform. The results showed that the genome of TR13 was a set of circular plasmid-free molecules, and the total length of the genome sequence was 2 172 224 bp with a GC content of 36.82%. It was predicted to contain 2 536 protein-coding genes with a total length of 1 883 532 bp, an average length of 799.46 bp, and an average density of 1.08 per kb, and the average sequence length of the coded proteins was 265 amino acids (aa), accounting for 86.71% of the genome. The genome of TR13 contained 15 rRNA operons and 63 tRNA, 75 virulence genes and 150 drug resistance genes being predicted from the genome. Moreover, functional annotation of the genome and metabolic pathway information annotation were accomplished by aligning the coding genes to the GO, COG and KEGG databases, which would provide a theoretical basis to explore the application of strain TR13.

Key words: Lactobacillus helveticus; whole genome sequencing; gene function annotation

中图分类号:

TS201.3

田建军，张开屏，赵艳红，李权威，马牧然，马俊杰，曹凯慧，靳烨. 风干肉中产脂肪酶瑞士乳杆菌TR13全基因组测序及序列分析[J]. 食品科学, 2020, 41(16): 101-109.

TIAN Jianjun, ZHANG Kaiping, ZHAO Yanhong, LI Quanwei, MA Muran, MA Junjie, CAO Kaihui, JIN Ye. Whole Genome Sequencing and Sequence Analysis of Lactobacillus helveticus TR13 from Air-dried Mutton[J]. FOOD SCIENCE, 2020, 41(16): 101-109.

[1]	高永悦吕欣然杜宏崔晓玲俞美辰白凤翎励建荣王明丽周小敏郭晓华. 降解温和气单胞菌AHLs乳酸菌的筛选及在三文鱼保鲜中的应用[J]. 食品科学, 0, (): 0-0.
[2]	相启森董闪闪范刘敏马云芳白艳红. 紫外发光二极管对食品接触材料的杀菌动力学及影响因素[J]. 食品科学, 0, (): 0-0.
[3]	韩国强孙协平吴鹏飞陈今朝陈春王庆. 基于高通量测序分析复配小曲白酒发酵过程中微生物群落结构及多样性[J]. , 0, (): 0-0.
[4]	肖宇刘洋刘建军卢海强桑亚新孙纪录. 一株高产几丁质脱乙酰酶红球菌的基因组测序及其应用潜力分析[J]. , 0, (): 0-0.
[5]	张高川何超永王崇龙王大慧卫功元. 转录组测序分析氯化钠对普鲁兰生物合成的影响[J]. 食品科学, 0, (): 0-0.
[6]	赵乐张晓桐刘利军谢水琪靳奇文孟祥晨. 氨基酸对植物乳杆菌KLDS1.0391生长及细菌素合成的影响[J]. , 0, (): 0-0.
[7]	左乾程黄永光郭敏胡峰尤小龙程平言. 酱香型白酒机械化制曲发酵细菌群落的演替[J]. , 0, (): 0-0.
[8]	刘璐杨金桃吴江丽唐忠月曾雪峰张鹏程. 发酵鱼酱酸产GABA乳酸菌的分离筛选及发酵特性[J]. , 0, (): 0-0.
[9]	黎瑶依胡小霞黄永光. 茅台镇酱香型白酒酿造环境中真菌菌群多样性分析[J]. 食品科学, 0, (): 0-0.
[10]	杨玲玲蒋艳涂勇刚毕雅雯刘晶杨严俊徐明生. 复合卵白蛋白-大豆分离蛋白对肉糜凝胶特性和微观结构的影响[J]. , 0, (): 0-0.
[11]	山珊黄艳梅赵雪龙陈文瑶刘成伟龙中儿刘道峰. 级联信号转导系统结合免疫层析法检测大肠埃希氏菌O157:H7[J]. , 0, (): 0-0.
[12]	孙海磊董鹏程毛衍伟梁荣蓉杨啸吟张一敏朱立贤罗欣. 单增李斯特菌对食品加工中的胁迫响应及其机制研究进展[J]. , 0, (): 0-0.
[13]	孙天妹刘阳泰王翔董晓璐刘弘李红梅董庆利. 删失数据分析在食源性致病菌污染估计中的应用进展[J]. 食品科学, 0, (): 0-0.
[14]	刘佳宜李婷婷励建荣谢晶林洪王轰申照华郭晓华. 乙基麦芽酚对杀鲑气单胞菌群体感应及腐败活性的抑制作用[J]. , 0, (): 0-0.
[15]	莫祯妮熊盈盈邱树毅曾祥勇. 群体感应抑制剂在食品加工中的研究进展[J]. , 0, (): 0-0.

风干肉中产脂肪酶瑞士乳杆菌TR13全基因组测序及序列分析

Whole Genome Sequencing and Sequence Analysis of Lactobacillus helveticus TR13 from Air-dried Mutton

RichHTML

PDF (PC)

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价