苯甲酸及其类似物与酪氨酸酶分子对接研究

doi:10.7506/spkx1002-6630-201603017

食品科学

苯甲酸及其类似物与酪氨酸酶分子对接研究

李慕紫1，王庆华2,*，王晓艺1，何云1

1.广东药学院中药学院，广东广州 510006；2.广东药学院基础学院，广东广州 510006

出版日期:2016-02-15 发布日期:2016-02-26

Molecular Docking of Benzoic Acid and Its Analogues with Tyrosinase

LI Muzi1, WANG Qinghua2,*, WANG Xiaoyi1, HE Yun1

1. School of Traditional Chinese Medicine, Guangdong Pharmaceutical University, Guangzhou 510006, China;
2. School of Basic Courses, Guangdong Pharmaceutical University, Guangzhou 510006, China

Online:2016-02-15 Published:2016-02-26

摘要/Abstract

摘要：

以AutoDock 4.2和iGEMDOCK 2.1分子对接软件对13 种苯甲酸类似物与酪氨酸酶进行模拟对接研究，探讨苯甲酸类似物对接结合自由能与实验测得的酶抑制活性的关系，并对分子对接结果进行分析。结果表明：AutoDock 4.2程序中Cu电荷数的设置对结合自由能有显著影响，铜电荷数为2.0时，苯甲酸类似物结合自由能和pIC50（－lgIC50）线性相关系数可达0.803 6。iGEMDOCK 2.1预测苯甲酸类似物的结果线性较差，即AutoDock 4.2较iGEMDOCK 2.1预测酪氨酸酶抑制剂的可靠性更高。

关键词: 酪氨酸酶, 苯甲酸, 抑制剂, 分子对接

Abstract:

Benzoic acid and its 12 analogues were docked with tyrosinase by using AutoDock 4.2 and iGEMDOCK 2.1
software, respectively. The linear correlation between docking binding free energy and experimental inhibitory activity of
benzoic acid analogues was studied. The results from AutoDock 4.2 showed that the change in Cu charge had a significant
effect on binding free energy, and the linear correlation coefficient between binding free energy and pIC50 was up to 0.803 6
when Cu charge was 2.0, but the linear correlation coefficient from iGEMDOCK 2.1 was poor. The prediction capacity of
AutoDock 4.2 was more reliable than that of iGEMDOCK 2.1.

Key words: tyrosinase, benzoic acid, inhibitors, molecular docking

中图分类号:

李慕紫，王庆华，王晓艺，何云. 苯甲酸及其类似物与酪氨酸酶分子对接研究[J]. 食品科学, doi: 10.7506/spkx1002-6630-201603017.

LI Muzi, WANG Qinghua, WANG Xiaoyi, HE Yun. Molecular Docking of Benzoic Acid and Its Analogues with Tyrosinase[J]. FOOD SCIENCE, doi: 10.7506/spkx1002-6630-201603017.

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