发光细菌PB-P3.9的鉴定与gyrB、luxA基因系统发育分析

doi:10.7506/spkx1002-6630-201115049

食品科学 ›› 2011, Vol. 32 ›› Issue (15): 220-224.doi: 10.7506/spkx1002-6630-201115049

发光细菌PB-P3.9的鉴定与gyrB、luxA基因系统发育分析

周明霞，陈勇喆，王辉，陈智，邓乐

1.微生物分子生物学省部共建国家重点实验室培育基地，湖南师范大学 2.长沙市畜禽水产品质量检测中心

出版日期:2011-08-15 发布日期:2011-07-26
基金资助:
长沙市政府专项基金项目(100304)

Identification and Phylogenetic Analysis Based on gyrB and luxA of Photobacterium PB-P3.9

ZHOU Ming-xia1，CHEN Yong-zhe1，WANG Hui2，CHEN Zhi2，DENG Le1,*

(1.The Co-construction Laboratory of Microbial Molecular Biology of Province Department and Ministry of Science and Technology, Hunan Normal University, Changsha 410081, China； 2. Quality Inspection Center for Livestock, Poultry and Aquatic Products of Changsha, Changsha 410013, China)

Online:2011-08-15 Published:2011-07-26

摘要/Abstract

摘要： 平板划线分离法从猪肉上分离得到一株发光细菌PB-P3.9，依据细菌DNA促旋酶B亚基基因(gyrB)、荧光素酶A基因(luxA)序列比对及构建系统发育树鉴定其种属，并探讨其来源。扩增gyrB、luxA基因并测序，两个基因序列比对结果与发光杆菌属的明亮发光杆菌(Photobacterium phosphoreum)分别有99%、98%的序列相似性，结合其生物学特性，确定PB-P3.9为一株明亮发光杆菌。根据GenBank 数据库中明亮发光杆菌标准菌株gyrB、luxA基因序列，采用距离法构建系统发育树，表明PB-P3.9株与标准菌株NCIMB 1279有最近亲缘关系，结合其生长条件，拟确定此发光细菌PB-P3.9来源于海洋深海鱼或中层海水浮游生物。

关键词: 发光细菌, 明亮发光杆菌, gyrB基因, luxA基因, 系统发育分析

Abstract: Photobacterium strain named PB-P3.9 was isolated from pork by streak plate method. Phylogenetic analysis based on the gyrB and luxA genes was performed. This strain was identified as Photobacterium phosphoreum according to its biological properties and sequence analysis. The gyrB and luxA genes revealed 99% and 98% homology when compared with standard strains. Phylogenetic tree construction based on the standard gyrB and luxA gene sequences published in GenBank was carried out using MEGA4.1 software package by neighbor-joining method. The results showed that this strain had the highest similarity with the standard strain NCIMB1279. Based on their similarities in phylogenetic tree and the growth conditions, it is possible that the isolated strain comes from a marine deep-sea fish such as NCIMB1279, NCIMB1275, NCIMB7 or ATCC11040T, or a middle-level seawater plankton.

Key words: Photobacterium, Photobacterium phosphoreum, gyrB gene, luxA gene, phylogenetic analysis

中图分类号:

TS201.3

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发光细菌PB-P3.9的鉴定与gyrB、luxA基因系统发育分析

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