基于高通量测序分析虾夷扇贝柱菌群结构及腐败优势菌

doi:10.7506/spkx1002-6630-201820021

食品科学 ›› 2018, Vol. 39 ›› Issue (20): 140-145.doi: 10.7506/spkx1002-6630-201820021

基于高通量测序分析虾夷扇贝柱菌群结构及腐败优势菌

江艳华1，王联珠1，许东勤1,2，李风铃1，翟毓秀1，张媛3，姚琳1,*

（1.中国水产科学研究院黄海水产研究所，农业部水产品质量安全检测与评价重点实验室，山东青岛 266071；2.上海海洋大学食品学院，上海 201306；3.獐子岛集团股份有限公司，辽宁?大连 116011）

出版日期:2018-10-25 发布日期:2018-10-24
基金资助:
“十二五”国家科技支撑计划项目（2015BAD17B03）

Analysis of the Bacterial Flora Structure and Dominant Spoilage Bacteria in Adductors of Patinopecten yessoensis Using High-Throughput Sequencing

JIANG Yanhua1, WANG Lianzhu1, XU Dongqin1,2, LI Fengling1, ZHAI Yuxiu1, ZHANG Yuan3, YAO Lin1,*

(1. Key Laboratory of Testing and Evaluation for Aquatic Product Safety and Quality, Ministry of Agriculture, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China;2. College of Food Scinence and Technology, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;3. Zhangzidao Group Co. Ltd., Dalian 116011, China)

Online:2018-10-25 Published:2018-10-24

摘要/Abstract

摘要： 为揭示虾夷扇贝柱的菌群结构及腐败优势菌，通过对宏基因组DNA进行高通量测序，分析虾夷扇贝柱新鲜和腐败样品的菌群结构，同时对可培养细菌菌群基因组DNA进行高通量测序，分析新鲜和腐败样品可培养细菌菌群的结构特征。结果表明，对宏基因组测序后获得的新鲜虾夷扇贝柱中细菌菌群多样性丰富，其中相对丰度较高的有Candidatus kuenenia（10.73%）、弧菌属（Vibrio，8.15%）、别弧菌属（Aliivibrio，7.38%）、芽孢杆菌属（Bacillus，7.20%）和未分类菌（unclassified，16.08%）；4?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（Photobacterium，46.91%）、别弧菌属（36.82%）和假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas，11.01%），15?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（46.97%）和别弧菌属（43.33%），25?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（41.94%）、别弧菌属（23.10%）、梭杆菌属（Fusobacterium，18.61%）和乳酸菌属（Lactobacillus，10.60%）。对可培养细菌菌群基因组测序后发现，新鲜样品可培养细菌菌群多样性大大降低，大部分为假交替单胞菌属（89.46%），在25?℃腐败后，可培养的腐败优势菌为弧菌属（50.98%）、希瓦氏菌属（Shewanella，17.43%）和乳酸菌属（10.68%）。本研究揭示了虾夷扇贝柱新鲜及腐败样品的菌群结构特征及腐败优势菌，为进一步研究微生物对虾夷扇贝柱品质劣化的作用机制提供一定参考。

关键词: 虾夷扇贝柱, 高通量测序, 菌群多样性, 腐败优势菌

Abstract: This study aimed to reveal the structure of bacterial flora and dominant spoilage bacteria in adductors of the scallop Patinopecten yessoensis. The total bacterial flora of fresh and spoiled scallop adductors were analyzed via high-throughput sequencing of metagenomic DNA, as well as the culturable bacterial flora via high-throughput sequencing of total cultured colonies’ genomic DNA. The results based on metagenomic DNA showed that the diversity of bacterial flora in fresh samples was relatively high, among which, the genera with high relative abundance were Candidatus kuenenia (10.73%), Vibrio (8.15%), Aliivibrio (7.38%), Bacillus (7.20%) and unclassified (16.08%). The dominant spoilage bacteria at 4 ℃ were Photobacterium (46.91%), Aliivibrio (36.82%) and Pseudoalteromonas (11.01%). The dominant spoilage bacteria at 15 ℃ were Photobacterium (46.97%) and Aliivibrio (43.33%). The dominant spoilage bacteria at 25 ℃ were Photobacterium (41.94%), Aliivibrio (23.10%), Fusobacterium (18.61%) and Lactobacillus (10.60%). The results from cultured colonies’ genomic DNA sequencing revealed that the diversity of culturable bacteria flora in fresh samples, which was dominated by Pseudoalteromonas (89.46%), was significantly decreased. The culturable dominant spoilage bacteria during storage at 25 ℃ were Vibrio (50.98%), Shewanella (17.43%) and Lactobacillus (10.68%). The findings of this study can provide a basis for further investigating the mechanism of microbial quality?deterioration in adductors of P. yessoensis.

Key words: adductor of Patinopecten yessoensis, high-throughput sequencing, diversity of bacterial flora, dominant spoilage bacteria

中图分类号:

TS254.4

江艳华，王联珠，许东勤，李风铃，翟毓秀，张媛，姚琳. 基于高通量测序分析虾夷扇贝柱菌群结构及腐败优势菌[J]. 食品科学, 2018, 39(20): 140-145.

JIANG Yanhua, WANG Lianzhu, XU Dongqin, LI Fengling, ZHAI Yuxiu, ZHANG Yuan, YAO Lin. Analysis of the Bacterial Flora Structure and Dominant Spoilage Bacteria in Adductors of Patinopecten yessoensis Using High-Throughput Sequencing[J]. FOOD SCIENCE, 2018, 39(20): 140-145.

[1]	王勇，宋歌，庞邵杰，綦文涛. 应用Illumina NovaSeq测序技术比较3 种杂粮对大鼠肠道菌群的影响[J]. 食品科学, 2021, 42(9): 100-106.
[2]	陈蒙恩，赵聪，韩素娜，周丹凤，李建民，张劲，黄润娜，王晓毅，邓杰，胡晓龙. 基于高通量测序的陶融型大曲微生物群落结构分析[J]. 食品科学, 2021, 42(8): 106-113.
[3]	母雨，苏伟，母应春. 盘县火腿深度腐败的微生物及挥发性风味化合物表征[J]. 食品科学, 2021, 42(8): 221-228.
[4]	朱治宇，黄永光. 基于高通量测序对茅台镇酱香白酒主酿区霉菌菌群结构多样性的解析[J]. 食品科学, 2021, 42(8): 150-156.
[5]	吴聪，葛科立，路宗博，郑征，张金玉，薛美兰，葛银林. n-3多不饱和脂肪酸对小鼠血液外泌体中miRNA的调节和抑制肥胖作用[J]. 食品科学, 2021, 42(7): 176-184.
[6]	彭潇，邹文静，邵清清，孙中贯，张立华，李贺贺，王雪山. 石榴酒发酵过程中真菌种群演替及风味物质代谢规律解析[J]. 食品科学, 2021, 42(6): 157-163.
[7]	鲍伟，韩姣姣，张旨轩，芦晨阳，周君，明庭红，李晔，苏秀榕. 基于高通量测序技术对浙江传统发酵蔬菜微生物多样性的解析[J]. 食品科学, 2021, 42(6): 178-185.
[8]	郭壮，王玉荣，葛东颖，尚雪娇，张振东，赵慧君. 腊肠发酵过程中细菌多样性评价及其对风味的影响[J]. 食品科学, 2021, 42(6): 186-192.
[9]	娄海伟，赵玉，赵逸，林俊芳，赵仁勇，叶志伟，郭丽琼. 蛹虫草转录组分析及类胡萝卜素生物合成相关基因的挖掘[J]. 食品科学, 2021, 42(6): 150-156.
[10]	陈卓，吴学凤，穆冬冬，何莹，张明珠，蔡静，侯志刚，郑志，梁进，张钰萌，李兴江. 红腐乳后酵期风味物质与细菌菌群分析[J]. 食品科学, 2021, 42(6): 118-125.
[11]	赵文鹏，李浩，杨慧林，王筱兰. 曲霉型豆豉发酵阶段细菌群落的演替及其与环境因子的关系[J]. 食品科学, 2021, 42(4): 138-144.
[12]	任爱容，黄永光. 茅台镇不同主酿区域酱香型白酒酿造大曲中细菌菌群结构分析[J]. 食品科学, 2021, 42(4): 167-174.
[13]	黎瑶依，胡小霞，黄永光. 茅台镇酱香型白酒酿造环境中真菌菌群多样性分析[J]. 食品科学, 2021, 42(18): 164-170.
[14]	卢昌丽，熊香元，龚慧可，任佑华，陈力力，刘焱. 不同季节新鲜鸭蛋表面污染细菌的多样性分析[J]. 食品科学, 2021, 42(18): 306-313.
[15]	韩国强，孙协平，吴鹏飞，陈今朝，陈春，王庆. 基于高通量测序分析复配小曲白酒发酵过程中微生物群落结构及多样性[J]. 食品科学, 2021, 42(18): 80-85.

基于高通量测序分析虾夷扇贝柱菌群结构及腐败优势菌

Analysis of the Bacterial Flora Structure and Dominant Spoilage Bacteria in Adductors of Patinopecten yessoensis Using High-Throughput Sequencing

RichHTML

PDF (PC)

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价