冷却肉中假单胞菌16S rRNA基因不同可变区片段DGGE研究

doi:10.7506/spkx1002-6630-201117060

食品科学 ›› 2011, Vol. 32 ›› Issue (17): 287-291.doi: 10.7506/spkx1002-6630-201117060

冷却肉中假单胞菌16S rRNA基因不同可变区片段DGGE研究

江芸1,2，高峰2，苏勇3，徐幸莲2，周光宏2

1. 南京师范大学金陵女子学院食品科学与工程系
2. 南京农业大学国家肉品质量安全控制工程技术研究中心 3. 南京农业大学动物科技学院

发布日期:2011-08-30
基金资助:
国家自然科学基金项目(31071614)；江苏省高校自然科学基础研究项目(08KJB550005)

DGGE Analysis of Different Variable Region Fragments in 16S rRNA Gene of Pseudomonas from Chilled Meat

JIANG Yun1,2，GAO Feng2，SU Yong3，XU Xing-lian2，ZHOU Guang-hong2

(1. Department of Food Science and Nutrition, Ginling College , Nanjing Normal University, Nanjing 210097, China； 2. National Center of Meat Quality and Safety Control, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China； 3. College of Animal Science and Technology, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China)

Published:2011-08-30

摘要/Abstract

摘要： 为揭示变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术存在的一些技术缺陷，本实验以冷却肉中不同假单胞菌相关克隆为例，分别在V3和V6～V8两个不同可变区片段比较不同假单胞菌的16S rRNA基因差异。结果表明，以不同可变区为扩增目标进行研究，假单胞菌的DGGE图谱结果存在差异；基因片段序列的G+C含量与图谱中迁移位置并非绝对相关。DGGE技术的这一缺陷很大程度上是由细菌16S rRNA基因序列的自身特性所引起的。

关键词: 16S rRNA基因, 变性梯度凝胶电泳, 假单胞菌

Abstract: In this study, 16S rRNA gene sequences of different Pseudomonas cloned from chilled meat were analyzed based on V3 and V6－V8 region fragments to explore the technical defects of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). The results showed that different variable regions of 16S rRNA could lead to different DGGE results, and the (G + C) contents of variable region fragments were not related to the migrating distance in the DGGE. Therefore, the limitation of DGGE was due to the innate characteristics of bacterial 16S rRNA gene sequences to some extent.

Key words: 16S rRNA gene, denaturing gradient gel electrophoresis, Pseudomonas

中图分类号:

TS251.51

江芸，高峰，苏勇，徐幸莲，周光宏. 冷却肉中假单胞菌16S rRNA基因不同可变区片段DGGE研究[J]. 食品科学, 2011, 32(17): 287-291.

JIANG Yun，GAO Feng，SU Yong，XU Xing-lian，ZHOU Guang-hong. DGGE Analysis of Different Variable Region Fragments in 16S rRNA Gene of Pseudomonas from Chilled Meat[J]. FOOD SCIENCE, 2011, 32(17): 287-291.

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冷却肉中假单胞菌16S rRNA基因不同可变区片段DGGE研究

DGGE Analysis of Different Variable Region Fragments in 16S rRNA Gene of Pseudomonas from Chilled Meat

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