深度测序技术检测益生菌产品菌株组成及16S rDNA序列

doi:10.7506/spkx1002-6630-201320051

食品科学

深度测序技术检测益生菌产品菌株组成及16S rDNA序列

杨捷琳，袁辰刚，窦同海，丁小磊，潘良文

1.上海出入境检验检疫局，上海 200135；2. 复旦大学生命科学学院，上海 200433

出版日期:2013-10-25 发布日期:2013-09-28

Application of Next-Generation Sequencing (NGS) Technology in Analysis of Bacterial Species Composition and 16S rDNA Sequencing of Commercial Yoghurt Products

YANG Jie-lin，YUAN Chen-gang，DOU Tong-hai，DING Xiao-lei，PAN Liang-wen

1. Shanghai Entry and Exit Inspection and Quarantine Bureau, Shanghai 200135, China；
2. School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai 200433, China

Online:2013-10-25 Published:2013-09-28

摘要/Abstract

摘要：

目的：探查益生菌制品的标签标示与产品中实际检测到的菌株比较及不同产品中菌株的异同性。方法：以市场上购买的进口、出口酸乳制品作为研究对象，设计可区别24种产品的样品标签序列(Barcode)，通过PCR及Illumina平台深度测序分析，获得了酸乳制品中所含益生菌种类及序列等详细信息，根据Barcode序列信息对其中所含的24个混合样本进行区分，然后利用16S RDP的16S数据库，对测序的Reads进行比对。结果：24种产品中标签标示与样品中实际检测到的菌株完全一致的仅有两种，在24种酸乳制品中，以嗜热链球菌、嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌/德式乳杆菌为主要发酵菌株，双歧杆菌作为添加的益生菌基本在所有样品中存在，但含量较低，另一方面，不同产品中同一菌株的16S rDNA序列相似度较高，仅有两种菌株的1～2个碱基存在差异。结论：深度测序是一种可快速有效对食品中微生物群体精确筛查的技术，能够精确深入了解食品中微生物群落。使用溶方法检测目前市场上的酸乳制品，可发现使用的发酵菌种多来自商业化购买的菌剂，同质化程度较高，而作为后添加的双歧杆菌由于其生长条件的苛刻，实际活菌数量较低。

关键词: 乳酸菌, 酸乳制品, 16S rDNA, 深度测序

Abstract:

In recent years, an increasing number of applications of probiotic dairy products have been reported to maintain
the intestinal flora balance, treat chronic and acute diarrhea and enhance the immune system. Nevertheless, many probiotic
products from the market are often not accurately labeled for the bacterial composition. Therefore, it is necessary to know
the bacterial composition of probiotic products for better judgment of their quality. For this purpose, we investigated the
accuracy and feasibility of 16S rDNA sequencing using Illumina next-generation sequencing (NGS) platform for bacterial
identification of the bacterial species composition in probiotic foods, especially in 24 probiotic products from 19 manufacturers.
Data showed that some probiotic products contained unadvertised lactobacilli and bifidobacteria, whereas others were
not the same as labeled. In summary, 16S rDNA sequencing by Illumina NGS platform is a rapid method for profiling the
microbial community in foods and clinical studies.

Key words: lactic acid bacterial, yoghurt, 16S rDNA, next-generation sequencing

杨捷琳，袁辰刚，窦同海，丁小磊，潘良文. 深度测序技术检测益生菌产品菌株组成及16S rDNA序列[J]. 食品科学, doi: 10.7506/spkx1002-6630-201320051.

YANG Jie-lin，YUAN Chen-gang，DOU Tong-hai，DING Xiao-lei，PAN Liang-wen. Application of Next-Generation Sequencing (NGS) Technology in Analysis of Bacterial Species Composition and 16S rDNA Sequencing of Commercial Yoghurt Products[J]. FOOD SCIENCE, doi: 10.7506/spkx1002-6630-201320051.

[1]	陶康，吴凌伟，金晓芳，任凯，于政鲜，刘通，刘明伟，王水兴. 基于高通量基因测序分析腐乳微生物多样性[J]. 食品科学, 2021, 42(8): 143-149.
[2]	鲍伟，韩姣姣，张旨轩，芦晨阳，周君，明庭红，李晔，苏秀榕. 基于高通量测序技术对浙江传统发酵蔬菜微生物多样性的解析[J]. 食品科学, 2021, 42(6): 178-185.
[3]	朱寒剑，李雷兵，郑心，李琴，穆杨，徐宁，胡勇，吴茜，柳志杰，李玮，汪超，周梦舟. 乳酸菌生物膜形成调控及在食品中的应用研究进展[J]. 食品科学, 2021, 42(5): 296-304.
[4]	孙悦，刘佳伊，陈璐，杜宏，白凤翎，吕欣然，张德福，郭晓华，励建荣. 抗耐药性大肠杆菌乳酸菌的筛选及抑菌机制[J]. 食品科学, 2021, 42(2): 121-127.
[5]	罗强，李幸洋，陈炼红，张明，刘巧，张大伟，罗璠. 传统发酵泡菜中乳酸菌种群组成及优良菌株产酸耐酸特性分析[J]. 食品科学, 2021, 42(2): 158-163.
[6]	刘璐，吴江丽，杨金桃，唐忠月，曾雪峰. 发酵鱼酱酸产GABA乳酸菌的分离筛选及发酵特性[J]. 食品科学, 2021, 42(18): 73-79.
[7]	龙峻瑶，张均伟，黄丽，夏宁，滕建文，韦保耀，廖佳珺，郑培英. 六堡茶乳酸菌多样性及其降胆固醇特性分析[J]. 食品科学, 2021, 42(18): 58-64.
[8]	白琳，茹先古丽·买买提依明，王旭光，徐兵洁，阿不都乌甫尔·若孜，艾合买提江·艾海提. 5 种乳酸菌对库车小白杏发酵液理化性质及感官评价的影响[J]. 食品科学, 2021, 42(16): 83-88.
[9]	颜旭，王方杰，吴祖芳，翁佩芳. 乳酸菌发酵胡柚汁对小鼠肥胖的调节作用[J]. 食品科学, 2021, 42(15): 167-173.
[10]	刘欣，陈梅春，刘芸，郑雪芳，陈峥，王阶平，刘波. 乳酸菌发酵过程发酵液脂肪酸组生态位的异质性[J]. 食品科学, 2021, 42(14): 110-120.
[11]	丁丽丽，吕欣然，高永悦，崔晓玲，王小咪，白凤翎，仪淑敏，郭晓华. 鱼肠道中抗氧化活性乳酸菌的筛选及鉴定[J]. 食品科学, 2021, 42(10): 127-132.
[12]	张麟，高磊，王超，赵子健，段翠翠，赵玉娟，杨舸，李盛钰. 乳酸片球菌AS185调节高脂高糖饮食诱导的代谢综合征[J]. 食品科学, 2021, 42(1): 215-221.
[13]	窦露，刘畅，巴吉木色，杨致昊，苏琳，赵丽华，田建军，郭月英，靳烨. 日粮添加乳酸菌对苏尼特羊生长、肉品质、风味物质和抗氧化能力的影响[J]. 食品科学, 2021, 42(1): 25-32.
[14]	董杰，刘鹭，甲承立，朱俊玲，吕加平. 乳酸菌代谢物中二肽基肽酶-4抑制剂的分离纯化及鉴定[J]. 食品科学, 2020, 41(8): 116-122.
[15]	李慧臻，史佳鹭，占萌，关嘉琦，闫芬芬，霍贵成. 乳酸菌缓解酒精性肝病的研究进展[J]. 食品科学, 2020, 41(7): 306-314.

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