单增李斯特菌分子检测标记的数据挖掘

doi:10.7506/spkx1002-6630-200904041

食品科学 ›› 2009, Vol. 30 ›› Issue (4): 197-200.doi: 10.7506/spkx1002-6630-200904041

单增李斯特菌分子检测标记的数据挖掘

韩斌，刘战民，高海燕，尹京苑*

上海大学生命科学学院

收稿日期:2008-02-21 修回日期:2008-06-03 出版日期:2009-02-15 发布日期:2010-12-29
通讯作者: 尹京苑 E-mail:jyyin@staff.shu.edu.cn
基金资助:
上海大学系统生物研究基金项目

Data Mining for Molecular Detection Markers of Listeria monocytogenes

HAN Bin，LIU Zhan-min，GAO Hai-yan，YIN Jing-yuan*

Department of Life Sciences, Shanghai University, Shanghai 200444, China

Received:2008-02-21 Revised:2008-06-03 Online:2009-02-15 Published:2010-12-29
Contact: YIN Jing-yuan E-mail:jyyin@staff.shu.edu.cn

摘要/Abstract

摘要：

本研究采用生物信息学手段对微生物基因组进行研究，通过对单增李斯特菌和其它微生物的基因组数据的比对分析，获得了种内相似度高于99% 的未被用作检测标记的单增李斯特菌种特异性序列区段4 个和编码序列4个，较之传统的检测标记的挖掘方法更简单快捷，为建立食源性致病菌检测标记挖掘策略进行了有益的试。

关键词: 单增李斯特菌, 分子检测标记, 序列比对

Abstract:

Listeria monocytogenes is one kind of food-borne pathogens which can cause both people and animal to suffering from diseases, and the rapid detection technology based on molecular biology is one of the most interesting researches in the field of food safety. This study adopted the method of bioinformatics to research microbial genome data, and obtained 4 specific sequence regions and 4 coding sequences of L. monocytogenes which are not ever used as the detection markers. These results would be important for establishing PCR detection of L. monocytogenes.

Key words: Listeria monocytogenes, molecular detection markers, sequence alignment

中图分类号:

TS207.7

韩斌，刘战民，高海燕，尹京苑*. 单增李斯特菌分子检测标记的数据挖掘[J]. 食品科学, 2009, 30(4): 197-200.

HAN Bin，LIU Zhan-min，GAO Hai-yan，YIN Jing-yuan*. Data Mining for Molecular Detection Markers of Listeria monocytogenes[J]. FOOD SCIENCE, 2009, 30(4): 197-200.

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